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郑杰    副教授、研究员
所在学院 信息科学与技术学院
研究方向 数据科学,生物信息学,健康医疗大数据,
人工智能
联系方式 zhengjie@@shanghaitech.edu.cn
 
  个人简介  
2000年6月获得浙江大学计算机科学与工程学士学位(省级优秀毕业生)。
2006年7月在美国加州大学河滨分校获得计算机科学与工程博士学位。
2006年8月至2011年2月,郑博士在美国国立卫生研究院(NIH)下属国家生物技术信息中心(NCBI)从事博士后研究。之后,他在新加坡南洋理工大学计算机科学与工程学院担任助理教授,同时担任新加坡科技研究局(A*STAR)基因组研究所(Genome Institute of Singapore)客座研究员。
2018年6月郑杰博士加盟上海科技大学信息科学与技术学院任副教授、研究员。
郑杰博士已发表50多篇杂志论文(其中14篇影响因子5以上)及40多篇会议论文。他还担任多个国际学术会议程序委员和审稿人(包括两个会议的程序委员会共同主席),并每年多次为核心期刊审稿。他在新加坡主持完成3个国家级科研项目(总计两百多万新币),并参与其它10多个合作项目。2015年郑博士作为数学建模教练的南洋理工大学团队在国际基因工程大赛(iGEM)获得金牌。他还获得2017年国际生物信息学大会(InCoB)最佳论文奖(金牌)。郑博士曾连续两次获得南洋理工大学“优秀教师奖”提名。
  主要研究内容  
郑杰博士长期致力于研究计算机科学与技术在生物、医学、制药等方面的应用,以促进卫生健康事业的发展。他设计开发的算法、软件、数据库和数学模型可以用来分析大规模生物组学数据,模拟预测细胞动态变化,加快药物研发等。目前,郑博士在研发大数据驱动的人工智能技术(机器学习,认知计算)。这些信息技术将在精准医疗、单细胞数据分析、干细胞与再生医学等前沿领域得到应用。
  代表性论文  

注:* 标注通讯作者, “IF” 代表杂志影响因子:

1.   Jing Guo, Jie Zheng*. HopLand: Single-cell pseudotime recovery using continuous Hopfield network based modeling of Waddington’s epigenetic landscape, Bioinformatics, 33(14): i102 – i109 (special issue of flagship conference ISMB/ECCB 2017, acceptance rate 16.5%), 2017 (IF = 7.307).

 

2.    Lichun Ma, Jie Zheng*. A polynomial based model for cell fate prediction in human diseases. BMC Systems Biology, 11(Suppl 7):126, 2017 (Best Paper Award, Gold Medal, the 16th International Conference on Bioinformatics (InCoB 2017)).

  

3.    Jing Guo, Feng Lin, Xiaomeng Zhang, Vivek Tanavde, Jie Zheng*. NetLand: quantitative modeling and visualization of Waddington’s epigenetic landscape using probabilistic potential. Bioinformatics, 33(10), pp. 1583 – 1585, 2017 (IF = 7.307).

 

4.    Jing Guo, Hui Liu, Jie Zheng*. SynLethDB: synthetic lethality database toward discovery of selective and sensitive anticancer drug targets. Nucleic Acids Research, 44 (D1): D1011 – D1017, 2016 (IF = 10.162).

 

5.    Haifen Chen, Jing Guo, Shital K Mishra, Paul Robson, Mahesan Niranjan, Jie Zheng*. Single-cell transcriptional analysis to uncover regulatory circuits driving cell fate decisions in early mouse development. Bioinformatics, 31(7), pp. 1060 – 1066, 2015 (IF = 7.307).

 

6.    Jian-Ping Mei, Chee-Keong Kwoh, Peng Yang, Xiao-Li Li, Jie Zheng. Drug-Target Interaction Prediction by Learning from Local Information and Neighbors. Bioinformatics, 29(2): 238-245, 2013 (IF = 7.307).

 

7.    Jie Zheng, Pavel P. Khil, R. Daniel Camerini-Otero, Teresa M. Przytycka. Detecting sequence polymorphisms associated with meiotic recombination hotspots in the human genome. Genome Biology, 11:R103. 2010 (Highly accessed) (IF = 11.313).

 

8.  Jie Zheng*, David Zhang, Pawel F. Przytycki, Rafal Zielinski, Jacek Capala, Teresa M. Przytycka* (co-corresponding author). SimBoolNet - A Cytoscape plugin for dynamic simulation of signaling networks. Bioinformatics, 26(1): 141-142, 2010 (IF = 7.307).


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